Associations, Groupes de recherche

• ACLF : Association des Cytogénéticiens de Langue Française
  http://www.eaclf.org/
  Site web de l’Association
• ECA : European Cytogeneticists Association
  http://www.e-c-a.eu/EN/
  site web de l’association. Annonces de congrès, lettre de l’association...
• Institut Pasteur
  http://www.pasteur.fr/
  
• GFCO : Groupe Francophone de Cytogénomique Oncologique
  http://www.gfco.fr/index.php
  
• ORPHANET
  http://www.orpha.net
  Le portail des maladies rares et des médicaments orphelin
• AGT : Association of Genetic Technologists
  http://www.agt-info.org
  
• Atlas of genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology :
  http://atlasgeneticsoncology.org
  Remaniements, points de cassure, gènes impliqués dans les pathologies néoplasiques.
• ESHG : European Society of Human Genetics
  http://www.eshg.org/
  
• SFGH : Société française de Génétique Humaine
  http://asso.orpha.net/SFGH/cgi-bin/index.php?lng=fr
  
• AFC : Association Française de Cytométrie
  http://www.afcytometrie.fr
  
• CNRS
  http://www.CNRS.fr/
  
• INSERM
  http://www.inserm.fr
  
• Journal Officiel
  http://www.legifrance.gouv.fr/
  
• Medical Research Council:
  http://www.mrc.ac.uk
  
• Réseau ACPA
  http://www.renapa.univ-montp1.fr/
  Portail web du Réseau d'Analyse Chromosomique sur Puces à ADN

Cytogénétique médicale

Cytogénétique

• HCForum
  https://www.hc-forum.net/HCForum/Html/Francais/index.html
  Base de donnée répertoriant plus de 1500 translocations familiales. Aide au conseil génétique en donnant une estimation du risque de naissance d'un enfant avec retard mental - syndrome polymalformatif.
• ECARUCA
  http://www.ecaruca.net
  Base de données répertoriant les anomalies chromosomiques déséquilibrées avec leurs phénotypes.
• MCNdn : Mendelian Cytogenetics Network Database
  http://www.mcndb.org/index.jsp
  Site répertoriant les points de cassure associés à diverses pathologies. Ouvert à collaboration pour augmenter les cas répertoriés de translocations équilibrées à phénotype anormal. Proposent également des YACs pour affiner les localisations. Nouvelle version attendue pour début 2003.
• Mitelman Database of chromosome aberrations in Cancer
  http://cgap.nci.nih.gov/Chromosomes/Mitelman
  
• The Cancer Genome Anatomy Project (CGAP):
  http://cgap.nci.nih.gov
• Database of Genomic Variants
  http://dgvbeta.tcag.ca/dgv/app/home?ref=NCBI36/hg18
  Catalogue des variants de nombre de copies dans le génome humain
• DECIPHER
  http://decipher.sanger.ac.uk/
  Registre des microremaniements cytogénétiques désequilibrés
• The International Standards For Cytogenomic Arrays Consortium
  https://www.iscaconsortium.org
  ISCA consortium
• Small Supernumerary Marker Chromosomes
  http://www.uniklinikum-jena.de/fish/sSMC.html
  Site répertoriant les conséquences cliniques de plus de 4000 chromosomes marqueurs.

Génétique clinique

• Online Mendelian Inheritence in Man (OMIM)
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim?db=omim&TabCmd=Limits
  
• Medical Genetics Web Site
  http://medgen.genetics.utah.edu
  
• NORD : National Organisation for Rare Disorders
  http://www.rarediseases.org/
  
• Neonatal Diseases and Abnormalities
  http://www.facmed.unam.mx/publicaciones/otraspub/gea-premioARB/folico/karol.htm
  
• Information for genetic professionals:
  http://www.kumc.edu/gec/geneinfo.html
  

Images

• Cytogenetics Gallery
  http://www.pathology.washington.edu/Cytogallery/
  
• Web Path
  http://www-medlib.med.utah.edu/WebPath/webpath.html
  
• Animations chromosomiques
  http://www.tokyo-med.ac.jp/genet/index-e.htm
  

Ressources Biologiques

Banques de cellules, ADN, YACs, Plasmides, BACs, PACs, etc...

• Coriell Cell Repositories
  http://ccr.coriell.org
  
• American Type Culture Collection (ATCC) :
  http://www.atcc.org/
  
• European Collection of Cell Cultures (ECACC) :
  http://www.hpacultures.org.uk/collections/ecacc.jsp
  
• German Collection of Microorganisms and Cell Cultures (DSMZ) :
  http://www.dsmz.de
  
• CEPH
  http://www.cephb.fr
  
• Resources for Molecular Cytogenetics
  http://www.biologia.uniba.it/rmc/
  Ce site propose différentes sondes : peinture (chromosomes entiers ou partiels) dérivées d’hybrides somatiques, YACs du CEPH, BACs.
• BAC/PAC Ressources Center
  http://bacpac.chori.org
  
• CCAP BAC clones
  http://cgap.nci.nih.gov/Chromosomes/CCAP_BAC_Clones
  Site proposant une liste de BACs localisés par FISH et STS, organisés par chromosomes.
• Clone Registry
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/clone/clname.cgi?stype=Id&list=599276&TransHist=0
  Site proposant une fiche complète sur tous (ou presque) les BACs issus du séquençage du génome humain (Position, gène, STS, liens vers la séquence, laboratoire pouvant fournir le clone …)

Banques de données

• European Bioinformatics Institute (EMBL) :
  http://www.ebi.ac.uk/ebi_home.html
  
• The Sanger Center
  http://www.sanger.ac.uk/
  
• Chromosome Search
  http://www.ir.miami.edu/genetics/sergg/chromosome.html
  
• Enhancer Browser
  http://enhancer.lbl.gov
  Une base de données répertoriant les séquences activatrices validées chez l'homme et la souris
• Geneimprint
  http://www.geneimprint.com/site/home
  Base de données répertoriant les articles relatif à l'empreinte parentale et listant les gènes soumis à empreinte(validés ou candidats)

Cartographie

• Human Genome Browser
  http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/hgTracks.html
  Site intégrant sous forme graphique l’ensemble des données issues du programme génome humain. Mises à jour une ou deux fois par an.
• Ensembl Genome Server
  http://www.ensembl.org
  Autre site identique au précédent, à la présentation différente.
• Genemap 99
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genemap/
  Cartographie des principaux marqueurs localisés sur tous les chromosomes
• UW pathology cytogenetics resources and genome project related tools
  http://www.pathology.washington.edu/research/cytopages/GM/chromo.html
  Propose une recherche graphique (en cliquant sur les idéogrammes) de marqueurs ou de maladies , en relation avec les bases GDB et OMIM.
• NCBI Map viewer
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?chr=hum_chr.inf&query
  Cartographie des STS sur la carte génétique. Liens avec Genbank
• The human transcript map
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SCIENCE96/
  cartographie (MARS 96 !!!) des gènes localisés: visualisation graphique de la densité des gènes sur chaque chromosome, liste des gènes, séquence... Liens avec les autres sites de cartographie.
• A new gene map of the Human Genome
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genemap99/
  Mise à jour du site précédent
• GENATLAS
  http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/
  localisation des gènes et maladies connues sur les différents segments chromosomiques. Cartographie comparée avec d’autres espèces
• Genecards
  http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/
  Fiche complète sur toutes les informations connue pour chaque gène (position, séquences nucléique et protéique, liens etc…)
• Gene Lynx
  http://www.genelynx.org/cgi-bin/a?page=home
  Idem site précédent

Idéogrammes

• UW Pathology Cytogenics Resources
  http://www.pathology.washington.edu/cytopages/
  Idéogrammes en téléchargement (format PDF) : homme, souris, cheval
• Resources for Molecular Cytogenetics
  http://www.biologia.uniba.it/rmc/
  Idéogrammes en bandes G à diverses résolutions

Portails

• HUGO Gene nomenclature committee
  http://www.genenames.org
  Nomenclature officielle des gènes, nombreux liens vers bases de données et outils bioinformatiques

Ressources informatiques

Bio informatique

• REBASE
  http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html
  Tout sur les enzymes de restriction
• Bioinformatics Resources
  http://biotools.umassmed.edu/
  Nombreux outils informatiques online
• NCBI : Tools for data mining
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Tools/index.html
  
• MethTools
  http://genome.imb-jena.de/methtools/
  Outils permettant de visualiser et analyser l'état de méthylation de séquences d' ADN

Bibliographie

• Table of Contents of Selected Scientific Journals
  http://linkage.rockefeller.edu/outside/journals.html
  
• BIUM Paris
  http://www.bium.univ-paris5.fr/
  
• Journaux gratuits online
  http://www.freemedicaljournals.com/
  
• PubMed
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
  

Laboratoires

Microscopes

• Nikon
  http://www.nikoninstruments.com/en_FR/
  
• Zeiss
  http://microscopy.zeiss.com/microscopy/en_de/products.html
  
• Olympus
  http://www.olympus-europa.com/microscopy/en/microscopy/startpage_misd.jsp
  
• Olympus - France
  http://www.olympus.fr/
• Leica
  http://www.leica-microsystems.com
  
• P.A.L.M.
  http://www.palm-mikrolaser.com/

Analyseurs d'images

• Excilone (Genikon)
  http://www.excilone.com/index.php/genikon.html
  
• Applied Imaging ( Cytovision)
  http://www.aicorp.com/
• Digital Scientific (SmartCapture)
  http://www.digitalscientific.co.uk/
• Metatsystems ( Ikaros - Isis)
  http://www.metasystems.org/
• IMSTAR (Pathfinder)
  http://www.imstar.fr/
• Applied Spectral Imaging (Bandview - FISHview - SKYview)
  http://www.spectral-imaging.com/

Exercices de caryotypage

• The biology project - Karyotyping activity
  http://www.biology.arizona.edu/human_bio/activities/karyotyping/karyotyping.html

Protocoles

• Molecular Cytogenetics (FISH)
  http://ahsc.arizona.edu/~msrgsn/gd/gdvol13a.htm
• Donis Keller Lab lab manual
  http://hdklab.wustl.edu/lab_manual/index.html
• Technical TIPs Online
  http://tto.trends.com/
• Comparative genomic hybridization (CGH)
  http://amba.charite.de/cgh/

Guidelines

• Guidelines for Human Gene Nomenclature
  http://www.gene.ucl.ac.uk/nomenclature/guidelines.html
• International System for Human Cytogenetics Nomenclature:
  http://content.karger.com/ProdukteDB/produkte.asp?isbn=978-3-318-02253-7
  ISCN 2013
• E.C.A. Cytogenetic Guidelines and Quality Assurance
  http://www.eurogentest.org/web/info/public/unit1/guidelines/cytogenetics/index.xhtml